Provavelmente o problema está nas vinculações.
Observe inicialmente 2 coisas no empenho:
Observe a FONTE do empenho
Observe a Unidade orçamentária do empenho
Vá no banco conta movimento e selecione a conta corrente com problema. Veja se a Unidade Gestora da conta corrente corresponde à mesma unidade gestora do empenho.
Clique no botão VINCULOS→Fontes de Recursos. Veja se a fonte do empenho está vinculada à conta corrente.
Outra possibilidade : No Menu→Outros→Configurações
Clique na aba “Outros” e desmarque a opção “Permitir seleção de todas as contas durante a baixa”
(Essa é a opção menos aconselhável)