No caso de retenções, todas elas são direcionadas para o CNPJ da prefeitura/camara. Então verifique se o CNPJ das unidades gestoras está digitado corretamente.
Outra possibilidade é algum problema no preenchimento do cadastro do fornecedor. Às vezes ele é PF mas o documetno contém um CNPJ. Corrija isso.