Verifique se existem notas atestadas, pois só serão mostradas notas que foram de fato atestadas.

Outra possibilidade muito comum é que provavelmente não foi informado o numero do empenho, isto é, o usuário clicou apenas no protocolo de entrada sem ter informado o numero do empenho associado. Experimente preencher o numero do empenho, e em seguida clique na lupa.